Sekretariat Dewan Perkawilan Rakyat Kabupaten Waropen dipimpin oleh seorang Sekretaris Dewan yang secara teknis operasional berada dibawah dan bertanggung jawab kepada Pimpinan DPRK dan secara administratif bertanggung jawab kepada Bupati melalui Sekretaris Daerah.
Sekretariat Dewan Perwakilan Rakyat Kabupaten yang selanjutnya disebut Sekretariat DPRK merupakan unsur pelayanan administrasi dan pemberian dukungan terhadap tugas dan fungsi DPRK.
Sekretariat DPRK mempunyai tugas menyelenggarakan administrasi kesekretariatan dan keuangan, mendukung pelaksanaan tugas dan fungsi DPRK serta menyediakan dan mengkoordinasikan tenaga ahli yang diperlukan oleh DPRK dalam melaksanakan hak dan fungsinya sesuai dengan kebutuhan.
Fungsi Sekretariat DPRK: